Stomaträger mit einem Ileostoma sind oft relativ jung. Eine typische Gruppe sind Betroffene mit einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung (CED) wie Colitis ulcerosa oder Morbus Crohn. Bei diesen Erkrankungen kann es notwendig werden, einen entzündeten Darmabschnitt für einige Zeit auszuschalten, damit dieser sich von der Entzündung erholen kann.

Eine Erkrankungen die häufig zu einem endständigen Ileostoma führt ist die Familiäre Adenomatäse Polyposis (vererbbarer Darmkrebs). Zur Vermeidung eines bösartigen Verlaufs kommt es bereits bei recht jungen Menschen zu einer vollständigen Entfernung des Dickdarms.

Unfälle, angeborene Fehlbildungen und Dickdarmkrebs sind weitere Ursachen für ein temporäres oder endständiges Ileostoma.